神奇宝贝训练家小智与伙伴们遇到由人类创造的神奇宝贝超梦，超梦对自己的存在产生困惑，小智等人帮助超梦找到自我。
考古队深入沙漠寻找消失的古族遗迹，途中遭遇沙暴、盗匪等重重困难，最终发现古族秘宝背后的秘密。
父亲为了不让在外工作的儿子担心，隐瞒自己生病的消息，儿子回家后发现真相，父子俩在沟通与理解中，重拾深厚的父子情。